Negi...Cela fait exactement 11 ans que Negi et une grande partie de la classe à qui il donnait cours, les 3A, ont disparut de manière mystérieuse. Certaine personnes sont au courant.
Ces personnes furent appelée "les survivantes de la 3A" : Asuna Kagurasaka, Setsuna Sakurazaki, Kaede Nagase, Mana Tatsumiya, Zazie Rainyday et l'une des soeur Naritaki, Fumika, furent les seules a revenir de cette journée étrange en compagnie d'une petite hermine et d'un circuit imprimé extremement bien protégé par un programme informatique. Ce que personne ne savait c'est que ce circuit était le programme principal de Karakuri Chachamaru et il contenait toutes les donnés qui permettrait sa reconstruction. Il n'étaient pas non plus au courant qu'Aisaka Sayo était elle aussi revenue de cet endroit, étant donné qu'elle fut un spectre.
Aujourd'hui, nous somme en 2014, un jeune élève rentre au collège de Mahora et il entre par inadvertance dans la salle aujourd'hui abandonnée des 3A. Cherchant de la lumière dans cette pièce barricadée de toute part, il tombe sur ce qu'il prend pour un balai emballé. Son aventure commence à cet instant précis car le jeune garçon, nommé Shani Sagasu, venait de mettre la main sur le bâton magique ayant appartenu au très célèbre magicien Maitre Thousand, puis au non moins célèbre mage Negi Springfield. A peine eut-il posé la main sur le bâton que des souvenir ne lui appartenant pas, fusèrent dans son esprit. Il revécu les différentes aventures de Negi et sa rencontre avec Asuna ainsi que la 3A. (soit environs jusqu'aux tome 8 sortit en France plus quelques détails venant des suivants)
Il découvrit le monde de la magie et comment la pratiquer, qu'elle ne fut pas sa surprise lorsqu'il vit, après plusieurs jours d'entrainement dans la salle spéciale qu'Evangéline abritait chez elle, qu'il possédait les mêmes pouvoirs magique de glace que la propriétaire des lieux. Aujourd'hui, il est en quête des "Survivantes de la 3A" afin de retrouver Negi Springfield, ou au moins de trouver ce qu'il leur est arrivé.
Asuna et Zazie sont maintenant à l'Université de Mahora où elle suivent un doctorat.
Setsuna était retournée vivre à Kyoto dans un endroit perdu mais elle est de retour après avoir sentit le pouvoir magique de Shani qui ressemble à s'y méprendre à celui de Negi.
Mana était retournée vivre dans son temple où elle avait continuée la même vie que auparavant.
Kaede est partie vivre une vie totale de ninja dans la nature en compagnie de Fumika qui, pour une raison que personne n'a comprise, à décidée de suivre les cours de Kaede ainsi que son entrainement.
Sayo était restée au même endroit où elle à toujours été, c'est a dire dans la salle de classe des 3A, elle a assistée a la scène de Shani trouvant le bâton de Negi, elle voulu lui parler mais celui-ci s'en était allé trop rapidement.
Chachamaru, quant à elle est toujours en attente d'une personne qui pourrait décoder son circuit imprimé et qui pourrait la reconstruire.
Shani...Shani est un jeune étudiant de l'école Mahora, pas beaucoup plus jeune que les survivantes lors de leur accident, il n'y a pas plus ordinaire que lui dans tout le collège. Mais voilà, personne n'est totalement ordinaire à Mahora et tout ceux qui le semblent possèdent en fait une face caché ou alors ils vont être destinés à changer... Toujours est-il que tandis que Shani suis sa propre vie tranquille aux cotés de ses amis Mina Tetsuka, la boostée du groupe toujours en train de sauter partout comme une puce mais pourtant adorable, Rin Kougaku, la scientifique du groupe toujours en train de calculer les probabilité que telle ou telle chose arrive et qui cherche toujours à dépasser ses limites en robotique, ainsi que Izumi Narukose, le sportif toujours en pleine forme dont on pourrait presque croire qu'il se tape la pose en permanence tellement il a la classe, et pourtant c'est plus un timide dans l'âme.
Donc pendant que Shani était avec eux en train de vivre une nouvelle journée aussi banale que d'habitude, une sombre machination se mettait en place. Un bâton apparaissait mystérieusement dans une salle abandonnée, tandis que trois jeunes femmes revenaient d'un périple qui devait les renforcer autant physiquement que mentalement. Au loin, d'étranges forces sont à l'œuvre, d'anciennes connaissances de Negi cherchant plus ou moins vengeance ont reçue une missive: L'élève de Negi serait arrivé à Mahora, ils ne laisseront une telle chance de retrouver ce qu'ils cherchent et les voilà maintenant sur la route de Mahora...
Encore ailleurs, un sombre groupe réunissait ses 7 membres, chacun spécialiste de leur propre branche de duel. Les Mahou Yurai no Onjin, protecteur de la source magique, se rassemblent dans les plus profond ténèbres de notre monde pour réaliser ce qu'il n'avaient put faire de nombreuses année plus tôt. Cette fois-ci ils comptent bien y arriver mais pour cela, il faut que celui choisit par Negi se montre. Ils le sentent, il est si proche...